Эволюция комунистической партии РФ как оппозиционной силы в конце XX-начале XXI века

4 марта  1996 года зарегистрирован кандидатом  в президенты РФ. 16 июня 1996 состоялись  выборы президента РФ. Кандидатуру  Геннадия Зюганова поддержали 32,03 % голосов избирателей, принявших  участие в голосовании. 3 июля 1996 года в ходе голосования во  втором туре выборов президента  РФ за кандидатуру Зюганова  проголосовало 40,31 % избирателей.  В августе 1996 г. избран председателем  координационного совета Народно-патриотического  союза России, в который вошли  партии и движения, поддержавшие  его на президентских выборах.  В начале 1997 года выступил с  призывом принудить Ельцина к  отказу от должности президента, одновременно дав ему гарантии  неприкосновенности и достойной  жизни. В том же заявлении  призвал все политические движения  страны не предпринимать действия, которые бы ослабляли государственную  власть в центре и на местах.

В марте 1998 года выступил за импичмент Ельцину. В августе 1998 года после дефолта ушло в отставку правительство Сергея Кириенко и Ельцин предложил кандидатуру Черномырдина на пост премьера. 30 августа в прессе появились сведения о наличии соглашения фракций Госдумы, которое бы гарантировало утверждение Черномырдина на пост премьера. Однако позже Зюганов и лидеры других партий отказались от этого соглашения. В ходе голосований кандидатура Черномырдина была дважды провалена Госдумой. В сентябре Ельцин предложил кандидатуру Примакова, которую думцы утвердили.

В мае 1999 года в госдуме произошло голосование  по импичменту Ельцину. Необходимых 300 голосов сторонники импичмента не набрали  ни по одному вопросу. Зюганов заявил, что основным результатом голосования  в Госдуме стало то, что импичмент  Ельцину был поддержан большинством думцев.

Накануне  думских выборов возглавил предвыборный блок «За победу», образованный на базе КПРФ.

19 декабря  1999 года избран депутатом Государственной  думы третьего созыва по федеральному  списку КПРФ.

В 2000 году вновь баллотировался на пост главы  государства. Его предвыборная программа  содержала обещания отдать все природные  ресурсы государству, природную  ренту делить между всеми гражданами страны, вернуть госмонополию на водку  и табак, гарантировать всем право  на работу и достойную оплату труда, обеспечить право на бесплатную медицину, обеспечить право на бесплатное образование, снизить в два раза налогообложение  производства, ввести льготы для наукоёмких производств, внести поправки в конституцию  с целью преобразования страны в  парламентскую республику. В 2000 году на выборах президента России получил 29,21 % голосов и занял второе место  после Владимира Путина.

В январе 2001 года на пленуме Совета СКП-КПСС избран председателем совета Союза компартий.

В 2003 году избран депутатом Государственной  думы четвёртого созыва, в 2007 — депутатом  ГД пятого созыва.

Не участвовал в президентских выборах 2004 года, где коммунистическую партию представлял  Николай Харитонов.

В 2004 году вышла книга Зюганова «О русских  и о России», в которой он заявил о необходимости всем патриотам  и коммунистам защищать русских. В книге высказывалась мысль  о том, что обвинения России в  возрождении русского шовинизма  являются отражением выросших волнений мировой закулисы, которая осознает, что глобальная антирусская интрига  находится в данное время на грани  срыва.

    В 2006 году высказал мнение о желательности разработки проекта «Новая внешняя и внутренняя политика», рекомендовав использовать опыт Белоруссии, Индии, Китая, Вьетнама и Европы.

Принял  участие в выборах 2008 года, заняв  второе после Дмитрия Медведева  место (по официальным данным, более 13 млн голосов, или 17,72 % от принявших  участие в выборах).

    В ноябре 2008 года, когда в России разгорелся экономический кризис, в качестве антикризисной меры Зюганов предложил подвергнуть национализации основные богатства России.

Автор серии монографий. Доктор философских  наук, диссертация называлась «Основные  тенденции общественно-политического  развития России и его механизмы  в 80—90 годы» и была защищена в  МГУ. В 1996—2004 возглавлял Народно-патриотический союз России. С 2001 возглавляет Союз коммунистических партий — Коммунистическую партию Советского Союза.

Является  автором социально-экономических  программ патриотической оппозиции. Почётный гражданин Орла. Лауреат литературной премии имени Шолохова (учреждена Союзом писателей России). С 1993 года публикуется в «Советской России».