Разработка аналога биочипов

Цель работы: изучить возможность создания биочипов для выявления точечных мутаций в геноме ВИЧ-1 в полистироловых планшетах.

Задачи исследования:

1. Выбрать участок гена ВИЧ-1, в котором находятся несколько мутаций, которые являются первичными, перекрестными у нескольких АРВ-препаратов и встречаются в наиболее консервативных участках генома;

2. подобрать праймеры для амплификации выбранного участка гена;

3. рассчитать и синтезировать зонды для выявления выбранных мутаций;

4. определить оптимальные условия проведения ПЦР;

5. отработать и сравнить методики гибридизации на полистироловых планшетах и на нитроцеллюлозной мембране (дот-блот).

Введение. 2
Актуальность проблемы. 2
Обзор литературы. 4
История открытия ВИЧ. 4
Таксономическое положение и генетическое разнообразие ВИЧ. 5
Строение ВИЧ. 7
Характеристика генома ВИЧ. 8
Патогенез ВИЧ-инфекции. 11
Диагностика ВИЧ. 14
Лечение ВИЧ-инфекции. 20
Резистентность к АРВ-препаратам. 22
Методы выявления мутаций, приводящих к формированию резистентности: секвенирование, биочипы. 24
История создания биочипов 27
Технология биочипов 27
Принцип работы биочипов. 28
Разновидности биочипов, методики создания биочипов, достоинства и недостатки различных видов биочипов. 29
Материалы и методы. 32
1. Полимеразная цепная реакция. 32
2. Электрофорез в агарозном геле. 34
3. Осаждение ДНК этанолом. 36
4. Гибридизация на мембране (дот-блот). 37
5.. Гибридизация в полистироловых планшетах 38
Экспериментальная часть. 41
I. Получение фрагмента гена ВИЧ pol методом ПЦР. 41
II. Гибридизация с биотинилированными зондами на мембране (дот-блот). 46
III.Гибридизация с биотинилированными зондами на полистироловых планшетах. 47
Выводы. 54
Список литературы. 55